Javier Puyol nació el 13 de marzo de 1969, en Mar del Plata, Buenos Aires, Argentina. Realizó sus estudios con Roque Figliuolo y en Capital Federal con Yunior Césari.
Sus comienzos fueron junto a Luis Caro, cantautor de música latinoamericana desde 1989 hasta 1999. Su relación con el jazz comienza en 1990 como baterista de 'Armani Trío', agrupación de jazz fusión. Hacia el año 1995 integra el grupo del reconocido trompetista de jazz, Fats Fernández.
Desde el 2001 hasta la actualidad, integra el cuarteto 'Jam' junto a Eduardo Palomo.
En el año 2002, acepta la propuesta de Sebastián del Hoyo, y junto a Martín de Lassaletta forma 'Del Hoyo Trío'.
Desde el 2004 hasta la actualidad, también integra el cuarteto de jazz 'Armani-Puyol-Sánchez-Subirós'.